21-åringen har drabbats av en fraktur i foten och blir borta i flera månader.
Manchester City-anfallaren skadade sig i Nations League-semifinalen mot Italien, men spelade ändå i finalen mot Frankrike där det blev förlust, 1–2.
Nu bekräftar City-tränaren Pep Guardiola att Torres bli borta en längre tid.
– Han blir borta i två och en halv till tre månader, sade Guardiola på presskonferensen.
Ett tungt avbräck även för Spanien då yttern svarat för fyra mål på på sex VM-kvalmatcher.
Den avgörande VM-kvalmatchen mot Sverige spelas i Sevilla den 14 november.