Segern var Fannas sjätte på de senaste sju matcherna, och femte raka segern på hemmaplan.
Johan Eriksson gjorde två mål, övriga mål för hemmalaget gjordes av Adrian Alan och Andreas Larsson, enda målskytt för Vaksala blev Louie Mendy.
Resultatet innebär att Fanna ligger kvar på andra plats och Vaksala på sjunde plats i tabellen.
Nästa motstånd för Fanna är IFK Uppsala 2. Lagen möts söndag 26 maj 18.45 på Lötens IP.