Enligt anklagelsen ska han ha använt motsvarande nästan 800 000 kronor av förbundets pengar för egna syften.
Jordaan, som såg till att Sydafrika fick herr-VM 2010, förnekade anklagelserna inför en domstol i Johannesburg.
Enligt anklagelserna ska Jordaan mellan 2014 och 2018 bland annat ha anlitat ett privat säkerhetsföretag och en PR-byrå för egna syften, utan godkännande från det sydafrikanska fotbollsförbundets styrelse.
Den 73-årige Jordaan har varit ordförande i förbundet sedan 2013 och omvaldes för tredje gången 2022.
Jordaan och två andra anklagade släpptes mot borgen.