Segermålet för Apollon stod Christos Gkoumas för efter 86 minuter.
Målet kom först i matchens absoluta slutskede, med fyra minuter kvar att spela, när Christos Gkoumas gjorde 1-0 till Apollon.
Enköpings IS har två oavgjorda och tre förluster och 5-11 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Apollon har två vinster och tre förluster och 9-19 i målskillnad. Det här var Enköpings IS:s tredje uddamålsförlust den här säsongen.
Det här betyder att Enköpings IS nu ligger på elfte plats i tabellen, och Apollon är på nionde plats.
Tisdag 15 augusti 19.30 spelar Enköpings IS borta mot Upsala IF.