Efteråt knöt han båda nävarna och gratulerades grundligt av lagkompisarna.
Sampdoria vann till slut med 3–1 och tog tre viktiga poäng i och med att klubben är inblandad i bottenstriden.
Ekdal, 32, står nu på tre mål på 111 matcher i Sampdoria. Han väntar fortfarande på sitt första landslagsmål trots 64 spelade landskamper sedan debuten för tio år sedan.
Dejan Kulusevski satt fast på bänken hela matchen när motgångarna fortsatte för Juventus i ligaspelet. Atalantas Duvan Zapata gjorde matchens enda mål i Turin i den 28:e minuten. På tilläggstid slog Paulo Dybalas kvitteringschans i ribban.
Juventus är åtta i ligan, elva poäng bakom ledande Napoli och Milan och har dessutom spelat en match mer.
Atalanta är fyra på 28 poäng, fyra bakom tätduon.