Matchens enda mål kom i andra halvleken genom Abdifitah Salat Ali.
Abdifitah Salat Ali stod för Enköpings IS:s avgörande mål efter 83 minuter.
Knivsta har en oavgjord fyra förluster på de senaste fem matcherna, medan Enköpings IS har tre vinster och två förluster. Det här var Enköpings IS:s andra uddamålsseger.
För Enköpings IS gör resultatet att man nu ligger på sjätte plats i tabellen, medan Knivsta är på tionde plats.
I nästa omgång har Enköpings IS Väddö borta på Vikingalunden, fredag 3 juni 19.15.