Enligt Uefa ska den franska fotbollsklubben även avstå från 15 procent av alla intäkter som kommer från deltagande i någon av fotbollsförbundets tävlingar, där både Champions League och Europa League ingår, under kommande två år.
De närmsta tre säsongerna tillåts Marseille dessutom bara registrera 23 spelare, två mindre än vanligt, i de europeiska cuperna.
Däremot slipper klubben en tvåårig avstängning från europeiskt cupspel – något som drabbade Manchester City i februari.
Då bedömdes City också ha brutit mot de finansiella reglerna. Domen har sedan dess överklagats till idrottens skiljedomstol och ett besked väntas komma i juli.