Han var den ende kandidaten till posten och fick enligt statliga medier 487 av 488 röster i nationalförsamlingen.
Den nye presidenten lovade omedelbart att slå ner på korruptionen i landet.
Beskedet om att företrädaren Nguyen Xuan Phuc avgått kom i januari efter en tids rykten om att han skulle få sparken. Flera ministrar har avskedats som ett led i en antikorruptionssatsning, och flera tjänstemän har gripits.
52-årige Vo Van Thuong anses stå nära Nguyen Phu Tron, som ligger bakom antikorruptionskampanjen och som är generalsekreterare i det enväldiga kommunistpartiet som styr Vietnam.