Santos stod anklagad för att ha stulit ett checkhäfte från en avliden äldre man som hans mor hjälpte till att ta hand om och ska ha använt det till att köpa varor för cirka 700 dollar.
I överenskommelsen för att undvika åtal erkände Santos brottet och gick med på att betala böter på motsvarande cirka 50 000 svenska kronor, enligt domstolen.
Den skandalomsusade Santos, som valdes in i representanthuset i november, greps och åtalades på onsdagen för bland annat brott mot kampanjfinansieringslagar, men släpptes mot borgen på 500 000 dollar. Det finns också uppgifter om att Santos ska ha brutit mot lagar gällande intressekonflikter och förskingrat pengar.
New York-republikanen anklagas även för en rad lögner, bland annat om sin yrkesmässiga bakgrund och sin utbildningsnivå. Han har erkänt några vilseledande påståenden om sin utbildning och ekonomiska situation men nekar till de allvarligare anklagelserna.