Beskedet kommer efter krav från enskilda, flera framstående, katoliker om att den tystnadskultur som präglar området måste försvinna.
Portugals biskopskonferens meddelar i ett uttalande att man bestämt sig för att "genomföra en studie som kan ge klarhet i denna allvarliga fråga".
Den portugisiska kommissionen kan ses som en direkt följd av den rapport som i oktober presenterades av en motsvarande kommission i Frankrike.
Där avslöjades i en 2 500 sidor lång rapport att problemet med övergrepp mellan åren 1950 och 2020 var "massivt" och hade tystats ner under årtionden. De flesta av offren för övergrepp inom den franska katolska kyrkan var pojkar som ännu inte kommit i puberteten, enligt rapporten.
I den franska granskningen konstaterades att så många som 216 000 minderåriga utsatts för övergrepp i kyrkan.
Brevet som sändes till den portugisiska biskopskonferensen var undertecknat av över 200 personer. Dessa krävde att en kommissionen som den i Frankrike måste tillsättas eftersom sexuella övergrepp mot barn är ett "systematiskt problem" som är "direkt relaterat till maktutövning" inom kyrkan.
Enligt undertecknarna har mer än tio fall av barn som utsatts för sexuella övergrepp av personer inom kyrkan rapporterats i landet under det senaste decenniet. Brevskrivarna befarar dock att antalet offer sannolikt är mycket högre.