Demonstranterna kräver bättre ekonomiskt och social stöd för inhemska grupper i Amazonas.
Företaget säger att man har evakuerat sin personal och stängt av oljepumpningen vid anläggningen.
Den aktuella rörledningen transporterar råolja från de norra djungelregionerna i Peru till ett raffinaderi vid Stilla havet.
Perus nya vänsterpresident Pedro Castillo har lovat att omfördela landets mineralrikedomar och att tidigare marginaliserade, inhemska grupper ska få mer att säga till om.