Maria Ressa är en av landets mest kända förespråkare för yttrandefrihet och startade nyhetssajten Rappler 2012. Hennes arbete har lett till brottsanklagelser, gripanden och hot med koppling till att sajten har granskat och rapporterat om Dutertes regim.
– Det är en seger för en filippinska och vi är väldigt glada över det, säger nu president Dutertes talesperson Harry Roque vid en presskonferens som svar på en fråga om vad priset innebär för regeringen.
– Men det finns personer som anser att Maria Ressa fortfarande behöver rentvå sitt namn i domstol.
Presidenten har tidigare beskrivit Rappler som en kanal för "falska nyheter" och ett verktyg för amerikanska CIA, vilket Maria Ressa har avfärdat som nonsens.
Det är det första Nobelpriset som går till Filippinerna.