Algeriet är den huvudsakliga uppbackaren av självständighetsrörelsen Polisario i Västsahara.
Marocko har parallellt med erkännandet – efter amerikansk medling – beslutat att inleda diplomatiska förbindelser med Israel.
– Det sker utländska manövrar som syftar till att destabilisera Algeriet, säger premiärminister Abdelaziz Djerad och anklagar därefter Israel för att ha specifika intressen i regionen.
Retorik om påstådd israelisk inblandning i konflikten i Västsahara har frodats i Algeriet den senaste tiden.
Förra månaden klubbade Algeriet igenom författningsändringar som ger militären mandat att genomföra insatser i oroshärdar i grannländer som Libyen och Mali i fredsbevarande syfte.
Västsahara är ett område i Västafrika, längs med Atlantkusten, som gränsar till Marocko och Algeriet i norr och Mauretanien i sydost.