18 personer greps vid tillslagen och en person dödades efter att ha gjort motstånd, uppger polisen.
Drogerna hade skeppats från Afghanistan via Malaysia till Indonesien, enligt myndigheterna.
Ett liknande jättebeslag av kristalliserat metamfetamin gjordes i landet 2018 då 1,6 ton av drogen upptäcktes på ett fartyg i närheten av ön Batam.
Det sydostasiatiska landet har bland de strängaste narkotikalagarna i världen med dödsstraff i straffskalan för smuggling.