Utvisningen av ryssen var i sin tur ett svar på att Ryssland den 16 april anklagade en person vid det ukrainska konsulatet i S:t Petersburg för att ha tagit del av hemliga uppgifter och därför skulle betraktas som persona non grata (icke önskvärd) i landet.
Ukraina kommenterar utvisningen med att ännu en rysk diplomat kommer att utvisas "inom en snar framtid".
Relationerna mellan länderna har varit mycket ansträngda sedan Ryssland 2014 annekterade Krim och stödde ett pro-ryskt separatistuppror i östra Ukraina.
Ännu sämre blev förhållandet de senaste veckorna sedan Ryssland dragit samman trupper vid gränsen mot Ukraina. Trupperna återkallades nyligen.