När kvinnan hittades i ett sovrum i lägenheten var hon naken och hade rakat huvud. Hon hade även flera skador, inklusive frakturer, enligt en poliskälla – som säger att kvinnan förmodligen torterades.
Enligt polisen hade sovrummet blockerats med metalltråd.
Bostaden ligger i den nordöstra kommunen Forbach som gränsar till Tyskland. Även mannen är tysk.
Den 53-åriga kvinnan hade lyckats kontakta tysk polis som i sin tur kontaktade sina franska kollegor.
Den 55-årige mannen, även han tysk, anklagas för kidnappning, grov våldtäkt, tortyr och barbari, uppger den franska tv-kanalen BFMTV.
Radio RMC rapporterar att polisen även hittat en typ av dagbok där man tror mannen förde anteckningar över sina handlingar och när han gav sin fru mat.
Polisen utreder nu fallet.