Navalnyj korades till årets pristagare av EU-parlamentets talmanskonferens och gruppledare på onsdagseftermiddagen.
Vicetalman Heidi Hautala hyllade honom sedan som en "förändringens förkämpe".
– Aleksej Navalnyj har visat stort mod i sina försök att återställa valfriheten till det ryska folket. I många år har han kämpat för mänskliga rättigheter och grundläggande friheter. Det har kostat honom hans frihet och nästan hans liv. Å EU-parlamentets vägnar kräver jag hans omedelbara och ovillkorade frigivning, sade Hautala.
Förgiftad
Den 45-årige Navalnyj avtjänar ett flerårigt fängelsestraff en bit utanför Moskva. Han dömdes av en rysk domstol i fjol för att inte ha uppfyllt en tidigare villkorlig dom då han under 2020 länge vårdades i Tyskland sedan någon försökt mörda honom med nervgiftet novitjok.
Sacharov-priset har delats ut sedan 1988 och gick i fjol till den samlade oppositionen i Belarus, med presidentkandidaten Svetlana Tichanovskaja i spetsen.
Modiga kvinnor
Utöver Navalnyj var bland andra en grupp på elva afghanska kvinnorättsaktivister nominerade till årets Sacharov-pris. Även om Navalnyj var den som valdes hyllas även afghanskorna särskilt av parlamentet.
– Vi vill hedra de här kvinnornas mod, då de är bland de första som får utstå övergrepp på deras grundläggande rättigheter och friheter efter talibanernas maktövertagande i Afghanistan, sade Heidi Hautala i EU-parlamentet i Strasbourg.
Själva priset till Navalnyj kommer att delas ut den 15 december – dock sannolikt utan pristagaren själv på plats i Strasbourg.