Stoppet, som orsakades av ett problem med en säkring i ett signalskåp, var mellan Årstaberg och Älvsjö.
– Vi har bytt säkringen och nu rullar tågen som de ska, både pendeln och fjärrtågen, säger Daniel Axelsson.
Både pendeltåg, fjärrtåg och några godståg stod helt stilla mellan klockan 10.30 och strax före klockan 13 på måndagen.
Inledningsvis trodde Trafikverket att det handlade om nedrivna kontaktledningar.