Aska och rök vällde upp ur vulkanen från fredag kväll fram till lördag morgon (lokal tid) och spred sig flera hundra meter upp i luften, enligt landets katastrofmyndighet BNPB, rapporterar The Jakarta Post.
Det finns inga uppgifter om skadade.
I december 2018 ledde ett utbrott från Anak Krakatau till en tsunami som tog över 400 människors liv.
I rädsla för en ny tsunami efter utbrottet flydde många boende sina hem och begav sig upp i bergen.
Det nya utbrottet var dock relativt litet jämfört med de utbrott som ägde rum mellan december 2018 och januari 2019, enligt landets myndigheter.