Landets järnvägsmyndighet uppgav på Twitter att lokföraren försökt bromsa när han såg männen på spåret, men att tåget inte hann stanna i tid.
Ytterligare tre män skadades allvarligt och vårdas nu på sjukhus.
Migranterna var på väg till sin hemby till fots efter att ha lämnats strandsatta till följd av landets strikta reseförbud. Förbudet, som innefattar samtliga av landets en och en halv miljard invånare, infördes i mars för att förhindra spridningen av covid-19.
Miljoner migrantarbetare beräknas ha blivit arbetslösa.
– Vi gör allt vi kan för att folk ska få komma hem till sina familjer. Det här är en tragisk olycka, säger Vaibhav Kalumbarme från landets polismyndighet.