Det finns inga rapporter om att människor kommit till skada, däremot har stora skador konstaterats på lägrets administrativa del, tält och andra typer av tillfälliga boenden, meddelar migrationsdepartementet.
Branden bröt ut under oroligheter som började efter att en kvinna från Irak som bott i lägret avlidit. Hon hade förts till sjukhus med feber tidigare under veckan. Ett coronavirustest visade då negativt, enligt den statliga nyhetsbyrån ANA.
Tre personer har gripits med anledning av oroligheterna.
– Vi lyckades återställa ordningen runt klockan ett i natt. Det var många som deltog i händelserna, säger en polis.
Grekiska migrantläger har satts i karantän de senaste veckorna. 110 människor rapporteras ha avlidit i sviterna från coronaviruset i landet.