Överåklagare Marianne Ny beslutade på fredagen att lägga ned den utredning som pågått då det anses att det inte finns några möjligheter att komma vidare med den.
Assange är därmed fri att lämna Ecuadors ambassad där han sökt skydd sedan 2012.
Den våldtäkt som Assange misstänkts för skedde i Enköping i augusti 2010.
Assange fick kontakt med en kvinna bosatt i Enköping under en föreläsningsturné i Sverige. Kvinnan, som då var i 25-årsåldern, åt middag tillsammans med Assange och arrangörerna av föreläsningsturnén och de ska senare haft en flirt på hennes arbetsplats i Stockholm.
Två dagar senare reste kvinnan och Assange gemensamt med tåg till Enköping och begav sig till hennes lägenhet.
Enligt förhören med kvinnan ska paret haft sex i hennes lägenhet, först frivilligt men därefter ska Assange ha tvingat sig på henne medan hon sov och han har mot hennes vilja vägrat använda kondom.
Vid förhandlingar har Assange advokat hävdat att inget brott begåtts och att Assange omedelbart skulle släppas. Enköpingskvinnans advokat menade dock att det finns flera sätt att tvinga på en människa sex än med grovt våld och att det var det som det handlat om under natten i Enköping.
I november 2010 år häktades Julian Assange i sin frånvaro misstänkt för våldtäkten i Enköping, han greps senare i London. Han beviljades politisk asyl av Ecuuador och sedan 2012 har han befunnit sig på landets ambassad i London.