Nazistflaggorna hade placerats ut dels vid en gångbro i Bålsta, dels vid en silo i området.
Polisen har plockat ner flaggorna och upprättat en anmälan om hets mot folkgrupp. Dessutom har polisen anmält misstankar om olaga intrång i silon.
– En möjlig orsak till att flaggorna kom upp just den 20 april kan vara att det är Adolf Hitlers födelsedag, säger Åsa Wallinder, jourförundersökningsledare vid Uppsalapolisen.
Hur flaggorna ser ut framgår inte av den polisanmälan som fanns tillgänglig under söndagen.
Ingen misstänkt har gripits för dådet.