Även om folkskoleförordningen kom 1842 skulle det dröja innan folkskolan infördes i Enköping. Ända fram till 1850 kallades skolan fortfarande ”Enköpings schola” såsom den gjort sedan långt tillbaka.
Även om man kom att ändra namnet till Enköpings folkskola kom den gamla pedagogin, där endast pojkar gick, i praktiken att leva kvar ännu några år. I den ”folkskola” man hade i Enköping fick alltså inga flickor gå. Därvidlag bröt man alltså mot bestämmelserna i folkskoleförordningen.
Någon större debatt inom församlingen om detta verkar inte ha förekommit. En av anledningarna till detta missförhållande var antagligen brist på skollokaler. Med flickornas intåg i skolan skulle elevantalet fördubblas och skolhuset där den gamla pedagogin var inrymd skulle inte räcka till. Innan folkskolan infördes i praktiken måste alltså lokalfrågan lösas.
År 1855 flyttades den nedre avdelningen av folkskolan till rådhuset där skolsal och lärarbostad inreddes. Ännu fanns dock ingen plats för flickorna. Detta innebar inte att alla flickor i Enköping var helt utestängda från skolutbildning. Många undervisades i hemmet eller i privata skolor.
Att flickor i praktiken utestängdes från folkskolan innebar ett problem började man så småningom inse även i Enköping. En av dem var borgmästare Hans Wilhelm Carlsson som i sitt testamente år 1846 skänkte medel till en flickskolefond. Pengarna i denna fond skulle användas till en skola för stadens borgardöttrar.
Även om flickorna i denna skola skulle få utbildning i läsning, skrivning och viss mån räkning kunde detta inte jämföras med den undervisning pojkarna fick i den gamla pedagogin. Att flickor skulle förberedas för högre studier var inte aktuellt under denna tid. Vägen mot högre studier var i princip stängd för flickor. De enda kunskaper de ansågs behöva var läs- och skrivkunnighet. Detta enbart för att klara av konfirmationsundervisningen. Mycket av det medeltida samhället fanns ännu kvar och kvinnans plats var som husmor i hemmet.
I början på 1860-talet gjordes den högre avdelningen av folkskolan för pojkar om till läroverk. I samband med detta planerades ett nytt läroverkshus. När detta skolhus stod klart 1864 kunde Flickskolan starta i det gamla skolhuset vid korsningen Rådhusgatan – Kungsgatan som nu blev ledigt. Först 22 år efter förordningen om folkskola för alla barn kom, hade nu Enköping äntligen en folkskola även för flickor.
Det fanns emellertid ett problem. Flickskolan bekostades av flickskolefonden och en slöjdskolefond för flickor. Så länge församlingen utnyttjade dessa fonder – och det gjorde man naturligtvis av ekonomiska skäl – tvingades man även följa dessas statuter.
Detta gjorde att en hel del tid på flickskolans schema upptogs av träning i hushållsgöromål vilket givetvis tog tid från den övriga undervisningen.
På detta sätt kom den gamla indelningen med pojkar för sig och flickor för sig att finnas kvar kvar under många år framöver. Trots folkskolans införande hade vi ännu långt ifrån en likvärdig skolgång mellan flickor och pojkar.