Myndigheten, som går under namnet Turkstat, ansvarar för att ta fram och publicera inflationssiffrorna och har fått se en rad chefer sluta sedan årsskiftet.
Ordföranden fick gå tidigare i år och nu gör sig Erdogan också av med vice ordföranden Fatih Sahin, som suttit på posten i åtta månader. Utöver det har en rad andra chefer på myndigheten antingen slutat eller fått sparken det senaste året.
Inflationssiffrorna från Turkstat är delvis ifrågasatta. Inhemska kritiker har hävdat att de är nedtonade för att göra presidenten nöjd. Både handelskammaren i Istanbul och fristående grupper har tagit fram egna inflationssiffror som skiljer sig från de officiella.