Det är första gången sedan februari 2020 som bostadspriserna inte stiger i världens näst största ekonomi.
I 27 av städerna uppmättes månatliga prisuppgångar, vilket kan jämföras med 46 städer med prisuppgångar i augusti.
Prisutvecklingen stannar upp efter skärpta lånevillkor och åtgärder från lokala myndigheter för att få bort spekulativa investerare från bostadsmarknaden.
Rättad: I en tidigare version fanns en felaktig formulering om storleken på Kinas ekonomi.